يتيح برنامج "حساب المواطن" لمستحقي الدعم، في حال كان لديهم اعتراضات على مبالغ الدعم المقدم لهم من البرنامج، تقديم شكوى من خلال البوابة الإلكترونية للبرنامج.
وينصح البرنامج المستحق قبل تقديم الشكوى بالتأكد من تطابق مبلغ الاستحقاق الموجود على حسابه على البوابة مع المبلغ المودع في حسابه البنكي، والتحقق من قيمة الاستحقاق باستخدام "الحاسبة التقديرية" في البوابة والتأكد من تطابقها مع المبلغ المودع في الحساب، إلى جانب التأكد من أهلية التابعين له إن وجدوا.
وتتم إتاحة الأيقونة الخاصة بتقديم الشكاوى على الموقع بعد خمسة أيام من إيداع المبالغ في حسابات المستحقين، وأن على الشخص الضغط عليها واتباع الخطوات اللازمة، ورفع المستندات المطلوبة، وبعدها سيتم رفع الشكوى والتعامل معها من قِبل البرنامج.
يذكر أن فترة السماح لتقديم الشكوى لكل دورة استحقاق هي ثلاثة أشهر، وفي حال قبول الشكوى يصرف البرنامج قيمة الدعم المستحقة للمستفيد بأثر رجعي عن الشهر محل الشكوى.