أوردت اللائحة التنفيذية للنظام الموحد لإدارة نفايات الرعاية الصحية عقوبات رادعة تصل إلى السجن مدة لا تزيد على 6 شهور أو الغرامة المالية التي لا تزيد على 100 ألف ریال أو بهما معاً ضد المخالفين لأحكام النظام.
وشملت العقوبات أيضاً الحكم بالتعويضات المناسبة وإلزام المُخالف بإزالة المخالفة، وكذلك جواز إغلاق المنشأة أو قسم منها بصفة مؤقتة لا تزيد على 60 يوماً أو سحب الترخيص، مع إمكانية التظلم من العقوبات أمام ديوان المظالم خلال 60 يوماً من تاريخ إبلاغ من صدر ضده القرار.
وجاء في اللائحة أنه في حال كان المُتسبب في المخالفة أحد منسوبي المنشآت الصحية الحكومية فيتم التحقيق معه واتخاذ الإجراءات النظامية تجاهه وفقاً للنظام الذي يخضع له.