خلصت دراسة، إلى وجود 24 تحدياً يواجه القطاع غير الربحي في خدمة ضيوف الرحمن، تتوزع على 6 مجالات هي: "الأنظمة والتشريعات، والعمليات التشغيلية، والموارد المالية، والموارد البشرية، والإدارة الاستراتيجية للقطاع، والدعم المجتمعي والتطوع".
ووفقاً لدراسة "دور القطاع غير الربحي في خدمة ضيوف الرحمن" التي أعدها برنامج خدمة ضيوف الرحمن، تتمثل التحديات المتعلقة بالأنظمة والتشريعات، بعدم اكتمال البيئة التشريعية والتنظيمية الممكنة للقطاع غير الربحي، وبطء إجراءات تأسيس الجمعيات، والحاجة لتسهيل إجراءات الحصول على التصاريح اللازمة في بعض المواقع، وتعدد الجهات وتضاربها، بالإضافة إلى منع الجمعيات من إقامة بعض البرامج والأنشطة لضيوف الرحمن الداخلة في تخصصها، والقيود على التبرعات، وضعف حوكمة بعض الجهات في القطاع غير الربحي.
وتلخصت التحديات الخاصة بمجال العمليات التشغيلية، في ندرة البيانات والمعلومات، التي توضح المجالات الأكثر احتياجا لخدمة الضيف، وعدم وجود منهجية علمية لتصميم وتقديم أنشطة، وخدمات العمل غير الربحي في خدمة الضيف، وعدم قياس أداء الجهات في القطاع، والأثر الاجتماعي للخدمات المقدمة، وصعوبة التواصل مع كثير من جنسيات ضيوف الرحمن، والضعف العام في توظيف التقنية بالقطاع والذي يسهم في رفع أدائه وكفاءته.
وفيما يتعلق بالتحديات المتعلقة بالموارد المالية، تمحورت حول محدودية أدوار المسؤولية الاجتماعية للقطاع الخاص، في خدمة ضيوف الرحمن، وعدم توفر موارد مالية مستدامة لجميع المنظمات العاملة في القطاع، وتركز تبرعات الأفراد على أنشطة محدودة (الطعام والسقيا(.
وحددت الدراسة عدة تحديات خاصة بالموارد البشرية، كضعف البيئة التحفيزية الجاذبة للكفاءات من الموارد البشرية، في القطاع غير الربحي لخدمة ضيوف الرحمن، وضعف البرامج التدريبية والتأهيلية للكوادرالبشرية العاملة، وقلة الكادر النسائي وعدم توفر البيئة المناسبة للعمل.
وبحسب الدراسة فإن من بين التحديات التي يواجهها في الإدارة الاستراتيجية، تتمثل في عدم وجود منظومة لإدارة أداء القطاع غيرالربحي في خدمة ضيوف الرحمن، وضعف عام في التنسيق والتكامل وتوحيد الجهود، بين منظمات القطاع غير الربحي التي تقدم خدمات لضيوف الرحمن، وضعف عام في التنسيق والتكامل مع القطاع الحكومي والخاص، وعدم وجود استراتيجية شاملة للعمل غير الربحي في الحج والعمرة والزيارة.
واختتمت الدراسة التحديات التي يواجهها القطاع في الدعم المجتمعي والتطوع، بضعف تفاعُل أفراد المجتمع مع مبادرات القطاع غير الربحي في خدمة ضيوف الرحمن، وتفضيل تقديم الخدمة مباشرة للضيف، وضعف ممارسات الإدارة الاحترافية للمتطوعين، والصورة السلبية عند بعض أفراد المجتمع عن القطاع غير الربحيّ وربطه بالأنشطة المتطرفة.