حددت 24 مادة في نظام هيئة الرقابة ومكافحة الفساد، آليات عمل الهيئة والإجراءات الخاصة بها وفي مقدمتها جواز قيام رئيس الهيئة إذا أسفر التحقيق مع الموظف العام أو من في حكمه عن وجود شبهات قوية تمس كرامة الوظيفة أو النزاهة، باقتراح فصله بأمر ملكي ـ بعد أخذ رأي رئيس الجهاز الذي يتبع له الموظف ـ دون أن يؤثر ذلك على استكمال إجراءات الدعوى الجنائية في حقه.
وأوضح النظام أن الهيئة تعني بالرقابة الإدارية على الجهات العامة وحماية النزاهة وتعزيز الشفافية ومكافحة الفسادوالتي تتضمن إجراء الرقابة اللازمة للكشف عن المخالفات الإدارية وجرائم الفساد، واتخاذ ما يلزم في شأنها، وذلك وفقاً للنصوص النظامية ذات الصلة، وتلقي الشكاوى والبلاغات المتصلة بالمخالفات الإدارية وجرائم الفساد والتحقق من صحتها، وكذلك مباشرة التحقيق في المخالفات الإدارية والمالية وجرائم الفساد، ومباشرة الاستدلال والضبط الجنائي في جرائم الفساد، ومتابعة استرداد الأموال والعائدات الناتجة عن ارتكاب أي من جرائم الفساد.
وتتضمن اختصاصات الهيئة اتخاذ التدابير الاحترازية والتحفظية في شأن من توافرت أدلة أو قرائن على ارتكابه جرائم فساد؛ وفقاً للنصوص النظامية ذات الصلة، واتخاذ جميع الإجراءات لتوفير الحماية اللازمة لمن يُبلّغ أو يدلي بمعلومات عن أي من المخالفات الإدارية أو جرائم الفساد؛ وفقاً للأحكام المنظمة لذلك، ومراجعة أساليب العمل وإجراءاته في الجهات العامة؛ بهدف حماية النزاهة وتعزيز الشفافية، ونشر الوعي بمفهوم الفساد وبيان أخطاره وآثاره، واقتراح الأنظمة والسياسات ذات الصلة بالرقابة الإدارية وحماية النزاهة.
وأكد النظام أحقية طلب الهيئة من الجهات المشمولة باختصاصاتها تزويدها بالسجلات والوثائق والمستندات والمعلومات والبيانات ذات الصلة باختصاصاتها وعلى تلك الجهات توفير ما يطلب منها خلال المدد المحددة لذلك، مع التزام الهيئة عند طلبها للسجلات والوثائق والمستندات والمعلومات والبيانات -وفقاً للفقرة (١) من هذه المادة- بالأحكام النظامية المتعلقة بسرية المعلومات وعدم إفشائها.
وجاء في نصوص النظام أن يتولى الرئيس الإشراف على الهيئة في ممارسة اختصاصاتها، والإشراف الإداري والمالي عليها وعلى العاملين فيها، وأن يكون في الهيئة وحدات متخصصة بينها وحدة حماية النزاهة وتعزيز الشفافية ووحدة مكافحة الفساد ووحدة مكافحة الرقابة والتحقيق الإداري، ووحدة التحريات الإدارية ووحدة التحقيق والادعاء الجنائي ووحدة التعاون الدولي.
وشملت نصوص النظام بأن تكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة، تودع مبالغها في حساب خاص باسم الهيئة في البنك المركزي السعودي، ويُصرف منها وفقاً للوائح المالية المنصوص عليها في الفقرة (1) من المادة (التاسعة) من النظام، مع قيام الهيئة بإعدادتقارير يرفعها الرئيس إلى الملك ومنها تقرير سنوي خلال (تسعين) يوماً على الأكثر من تاريخ انتهاء السنة المالية وكذلك تقارير -بحسب الحاجة- عن موضوعات معينة مما تختص به الهيئة.
وتضمن النظام بأنه يترتب على الحكم الصادر من المحكمة المختصة بإدانة أي موظف عام -أو من في حكمه- بجريمة فساد؛ فصله من وظيفته، كما أنه إذا طرأت على ثروة الموظف العام ومن في حكمه بعد توليه الوظيفة زيادة لا تتناسب مع دخله أو موارده بناءً على قرائن مبنية على تحريات مالية بارتكابه جريمة فساد؛ فيكون عبء الإثبات عليه للتحقق من أن ما لديه من أموال نقدية أو عينية تم اكتسابها بطرق مشروعة، ويشمل ذلك زوجه وأولاده وأقاربه من الدرجة الأولى، وفي حال عجزه عن إثبات مصدر مشروع لها؛ تحال نتائج التحريات المالية إلى الوحدة؛ للتحقيق معه واتخاذ ما يلزم نظاماً لرفع الدعوى الجزائية أمام المحكمة المختصة، لطلب معاقبته وفق المقتضى الشرعي والنظامي، على أن تشتمل الدعوى على طلب استرداد أو مصادرة الأموال المتصلة بالجريمة في حال ثبوتها.
ونص النظام كذلك على أنه إذا هرب المتهم بجريمة فساد إلى خارج المملكة أو توفي؛ تقوم الهيئة -بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة- بالعمل على الحصول على ما يتوافر من أدلة ونتائج التحقيق إن وجدت، وذلك لغرض اتخاذ ما يلزم لرفع الدعوى أمام المحكمة المختصة بطلب النظر في ردّ المال محل الجريمة أو مصادرته أو رد قيمته -بحسب الأحوال- ورد أي عائدات ترتبت من ذلك المال، كما يجوز للهيئة إجراء تسويات مالية مع من بادروا بتقديم طلبات بذلك ممن ارتكبوا جرائم فساد من ذوي الصفة الطبيعية أو الاعتبارية، بموجب قواعد تتضمن تصنيفاً للفئات المشمولة بتلك التسويات والإجراءات المتصلة بذلك، تُعدها الهيئة وتصدر بأمر ملكي.