أتهم الدكتور ناصر العمر الليبراليين والعلمانيين بالتخطيط للقضاء على القضاء الشرعي وإستبداله بالقضاء الوضعي وذلك من خلال حملات شرسة يقودونها عبر الإنترنت .
وشدد الدكتور العمر خلال محاضرة له بعنوان " يهدي الله لنوره من يشاء " في جدة ، أن إطلاق التهم على القضاء كله كما يحدث في بعض المواقع الإلكترونية أمر لا يجوز ، بل ويشكل خطراً عظيماً ، ويدعم توجه الليبراليين والعلمانيين في محاربة من يحكم وفق شرع الله .
وأضاف العمر بحسب صحيفة "الحياة " ، أنه لايجوز لنفسه أن يتحدث عن أحكام صدرت في حق أشخاص حتى ولو رآها البعض قاسية ، فكل قاض سيقف أما ربه ، مبيناً أنه ليس منهجه أن يعقب على حكم صدر بل أنه يخشى على من يفعل ذلك أن يؤثم يوم القيامة .
وكانت المحكمة الجزائية المتخصصة في الرياض حكمت أخيراً على أكاديمي بالسجن 5 أعوام وتغريمه 100 ألف ريال، ومنعه من السفر 5 أعوام، بسبب إنتاج مواد من شأنها المساس بالنظام العام، ونشرها عبر شبكة الإنترنت.